El Programa de Estudios del Seminario Metodista Pentecostal posee tres niveles:

1. Nivel de Diplomado: Una vez cursados las 16 materias de los 8 módulos correspondientes a los primeros 2 años lectivos, se obtiene un Diplomado en Teología.

2. Nivel de Bachiller: Una vez terminado el Nivel de Diplomado los estudiantes y pastores pueden cursar en Nivel de Bachiller, que contempla 8 materias de mayor profundización, distribuidas en 4 módulos. Con ello se obtiene el Grado de Bachiller en Teología.

3. Nivel de Licenciatura: Finalmente, para quienes poseen el grado de Bachiller en Teología, el Seminario Metodista Pentecostal ofrece un Cuarto año lectivo con 8 Materias que permiten obtener el Grado de Licenciado en Teología.

La Malla Curricular del Seminario Metodista Pentecostal posee equilibrio entre las materias bíblicas y las teológicas y además contiene una adecuada diferenciación entre los estudiantes que pastorean congregaciones y los que sirven al Señor en otras áreas.

La Dirección del Seminario se reserva el derecho de modificar, disminuir, ampliar o reestructurar estas mallas curriculares sin aviso previo, cuando la situación contractual o académica así lo requiera.